species:
  short_name: mRatNor
  name: Rattus norvegicus
  taxon_id: 10116
  common_name: Norway rat
  order:
    name: Rodentia
  family:
    name: Muridae
  individuals:
  -
    short_name: mRatNor1
    biosample_id: SAMEA7524397
    alt_ids:
    - SAN0001274
    sex: male
    project: [ vgp ]
  -
    short_name: mRatNor2
    alt_ids:
    - WKY/Bbb
  -
    short_name: mRatNor3
    alt_ids:
    - SHR/Utx (SHR-B2)
  -
    short_name: mRatNor4
    biosample_id: null
    strain: SHRSP/BbbUtx
    alt_ids:
    - RGD_8142383
    - SHRA3/Utx
    - SHR-A3
    sex: male
    birth_date: various, 2022-2023
    birth_location: Texas, USA
    breeding_method: natural
    description: >
      This "individual" represents the rat strain SHRSP/BbbUtx maintained at
      UTHealth by Dr. Peter Doris. Multiple individuals are grouped together
      because the strain is fully inbred and the genome is pseudohaploid.
      Collections from various inviduals have occurred at multiple
      timepoints, but they are generally being treated as coming from the
      same source (similar to having a cell line) for the purpose of genome
      assembly. A cell line was avoided so that somatic recombination could
      be studied. For the purpose of this Tree of Life ID (ToLID), all
      samples are from specimens at the same location and in the same
      conditions. A reference genome assembly has already been generated using
      PacBio HiFi and CLR (with other supporting data, e.g. Hi-C). The same
      strain is being used for a T2T assembly effort.
    provider: Dr. Peter Doris, University of Texas Health (UTHealth) Houston
    samples:
    -
      sample_id: mRatNor4.liver1
      tissue: liver
      age: 18 weeks
      dev_stage: adult
      sample_biosample_id: SAMN24538170
      birth_date: 2020-10-29
      collection_date: 2021-03-08
      provider: Dr. Peter Doris, University of Texas Health (UTHealth) Houston
    -
      sample_id: mRatNor4.kidney1
      tissue: kindey
      age: late gestational
      dev_stage: late gestational
      sample_biosample_id: null
      collection_date: various, 2022-2023
      provider: Dr. Peter Doris, University of Texas Health (UTHealth) Houston
      description: >
        Multiple samples were collected throughout 2022-2023 from multiple male
        specimens. Intrabdominal testes are used to determine sex from these
        late gestational fetuses. These samples were used for DNA sequencing
        for the rat T2T project.
    project: [ t2t ]
  genome_size: 2900000000
  genome_size_method: Expert estimate and existing assembly size
  project: [ vgp, t2t ]